Notre équipe s'intéresse aux processus écologiques, évolutifs et historiques qui structurent les assemblages d'espèces.
Notre originalité tient à la prise en compte des processus de larges échelles spatiales et temporelles dans l'étude locale des communautés d'espèces.
Des questions ? Contacter la coordinatrice de l'équipe, Sandrine Pavoine
Nos objectifs
Nous nous intéressons aux impacts des activités humaines sur la structure des communautés d'espèces et sur ses dynamiques. Nous étudions par exemple les effets de l'agriculture, de la pêche, des gradients d'urbanisation, des pollutions et du changement climatique. Dans ce cadre, nos travaux portent sur les interactions qui existent entre les espèces, à travers l’étude des réseaux trophiques et mutualistes, et sur la relation entre ces interactions et les fonctions ou services écologiques.
Pour ce faire, nous souhaitons :
- Comprendre les processus d’assemblages d’espèces via des approches complémentaires (notamment en écologie, biogéographie et mathématique) depuis des échelles locales jusqu'à l'échelle de la planète.
- Comprendre les dynamiques des communautés d'espèces (i) en menant des études non seulement spatiales mais aussi temporelles, (ii) en analysant les réseaux d'interactions entre espèces et leurs rôles dans la stabilité des écosystèmes, (iii) en étudiant les réponses des communautés aux pressions anthropiques.
- Développer des approches d'analyse de données et de modélisation mathématique de la biodiversité grâce à des programmes de sciences participatives et des protocoles plus classiques d'expériences in situ.
- Contribuer à des stratégies de conservation de la biodiversité basées sur les processus qui la maintiennent et la créent.
Nos travaux de recherche s’appuient à la fois sur des données issues de dispositifs expérimentaux in situ
et sur différents programmes de sciences participatives.
Les membres de notre équipe
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Les chercheurs permanents |
Les chercheurs associés |
Post-doctorants |
Doctorants |
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Colin Fontaine, CR CNRS |
Luc Barbaro, CR INRA |
Yves Bas |
Olivier Billaud |
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Isabelle Le Viol, MC MNHN |
Kévin Barré |
Isabelle Deregnaucourt |
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Maud Mouchet, MC MNHN |
Alain Danet |
Clémentine Durand-Bessart |
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Sandrine Pavoine, Coordinatrice, MC MNHN |
Karine Princé |
François Duchenne |
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Emmanuelle Porcher, PR MNHN |
Marine Robuchon |
Anna Kondratyeva |
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Lissette Victorero |
Laurène Mérillet |
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Théophile Olivier |
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Florian Vincent |
Terrains et objets d’étude
Thématique en développement, l'écologie des poissons constitue l’un de nos axes de recherche.
Les populations d'oiseaux sont notamment étudiées grâce aux données du suivi temporel des oiseaux communs (STOC). Merci aux participants ornithologues volontaires.
Grâce aux participants volontaires du suivi photographique des insectes pollinisateurs (Spipoll) et de l'Opération papillons, de nombreuses données sont récoltées pour l'étude des relations entre les plantes et leurs pollinisateurs.
L'équipe CoMaC propose un stage pour un(e) étudiant(e) en Master 2 :
Sujet : Réponse multi-taxa de la biodiversité sauvage à la diversité génétique du blé.
Encadrants
PORCHER Emmanuelle – CESCO – emmanuelle.porcher@mnhn.fr
BAROT Sébastien – iEES-P – sebastien.barot@ird.fr
DUBS Florence – GQE Le Moulon – florence.dubs@gmail.com
Laboratoires d’accueil
CESCO : UMR 7204 Centre D’Ecologie et des Sciences de la Conservation. Muséum national d'Histoire naturelle. 61 rue Buffon. 75005 Paris – France (cesco.mnhn.fr)
IEES-P : Institut d’Ecologie et des Sciences de L’Environnement de Paris. Sorbonne Université, 4 place Jussieu, 75005 Paris – France (ieesparis.ufr918.upmc.fr)
L'agriculture moderne repose généralement sur des variétés homogènes génétiquement cultivées en peuplement pur, ce qui se traduit par une faible diversité des plantes dans les parcelles cultivées (Perronne et al. 2017). Un nombre croissant d'études suggèrent que la diversité végétale intra- et interspécifique pourrait favoriser de plus fortes abondance et diversité de certaines espèces sauvages associées aux cultures et, par conséquent, promouvoir certains services écosystémiques tels que la lutte biologique par les prédateurs naturels (Ratnadass et al. 2012), permettant ainsi de réduire l’utilisation d’intrants (Barot et al. 2017, Gaba et al. 2015). De fait, les mélanges de variétés sont utilisés depuis longtemps dans l’agriculture traditionnelle pour leur résistance aux maladies fongiques (Finckh et al. 2000), et connaissance un regain d’intérêt en France (Barot et al. 2017). Cependant, les effets positifs de la diversité génétique des espèces végétales sur la diversité des communautés associées (i.e. la biodiversité sauvage) ont surtout été documentés dans les systèmes naturels (Hughes et al. 2008), et le peu d'études qui ont examiné l'effet de la diversité génétique des cultures sur la biodiversité sauvage ne portent que sur les communautés d'arthropodes terrestres (Chateil et al. 2013, Crutsinger et al. 2006). Il est donc important de comprendre quel peuvent être les effets, sur la biodiversité sauvage, d’un retour de la diversité génétique des cultures dans les espaces agricoles.
Ce stage s’insère dans le projet ANR Wheatamix(https://www6.inra.fr/wheatamix/), qui évalue l'effet d’une pratique agricole en expansion, les mélanges variétaux de blé (Triticumaestivum), sur les services écosystémiques et sur la conservation de la biodiversité. Pour étudier l’effet de la diversité d’une culture, le blé tendre, sur la biodiversité sauvage de parcelles agricoles, une approche expérimentale de grande envergure (plus de 100 parcelles de 80m²) a été menée en 2015 et 2016. Ce dispositif expérimental a permis de comparer la biodiversité sauvage entre parcelles différant par le nombre de variétés de blé (1, 2, 4 ou 8 variétés) pour un grand nombre de groupes taxonomiques différents : plantes, invertébrés épigés du sol, macrofaune hypogée du sol, collemboles, bactéries du sol, nématodes, mycorhizes, champignons pathogènes des feuilles. Les premiers résultats montrent un effet positif de la diversité du blé sur l’abondance de certains groupes (dont les araignées de 2015, Dubs et al. 2018). Cependant il manque encore une vision d’ensemble sur la question de la relation entre diversité du blé et biodiversité, car une partie des échantillons de 2016 n’est pas identifiée, mais surtout car il n’y a pas eu d’analyse multi-taxons des données récoltées. L’objectif de ce stage sera donc de combler ces manques, en terminant les identifications manquantes et en développant une analyse multi-taxa de la relation entre diversité du blé et biodiversité sauvage.
Il s’agira d’analyser les relations entre les caractéristiques de la culture, notamment sa diversité, et différents taxa de biodiversité sauvage (plantes, invertébrés épigés du sol, macrofaune hypogée du sol, collemboles, bactéries du sol, nématodes, mycorhizes, champignons pathogènes des feuilles). Ces taxa seront caractérisés par leur abondance, diversité spécifique, diversité fonctionnelle… On testera si les effets positifs de la diversité génétique de certaines plantes sauvages sur l’abondance et la diversité des espèces associées peuvent être retrouvés en milieu agricole.
Méthodologie :
Le/la stagiaire (1) finira d’identifier une partie des échantillons de la 3e campagne de prélèvements en 2016 pour compléter les données araignées (NB : 3 autres campagnes sont déjà identifiées) ; (2) compilera toutes les autres données de biodiversité déjà disponibles pour calculer des indices d’abondance, de diversité spécifique et fonctionnelle dans chaque parcelle expérimentale ; (3) mettra en relation la diversité et les caractéristiques morphologiques, phénologiques et physiologiques du blé (données déjà disponibles) avec les données de biodiversité. Cela passera par l’utilisation d’outils statistiques uni- et multivariés ; (4) sur la base de ses résultats, discutera l'intérêt des mélanges variétaux comme moyen possible de diminuer l’impact négatif de l'agriculture sur la biodiversité non cultivée.
Moyens mis à disposition :
- Identification taxonomique des échantillons d’araignées sous binoculaire avec clés de détermination (collaboration avec Christine Rollard, ISYEB, MNHN)
- Analyse de données / statistiques uni- et multivariées avec le logiciel R
Durée
Date de début : Février 2019
Date de fin : Juin-Juillet 2019
Références citées
Barot S, Allard V, Cantarel A, Enjalbert J, Gauffreteau A, Goldringer I, Lata JC, Le Roux X, Niboyet A, Porcher E. 2017. Designing mixtures of varieties for multifunctional agriculture with the help of ecology. A review. Agron. Sustainable Dev. 37, 13.
Chateil C, Goldringer I, Tarallo L, Kerbiriou C, Le Viol I, Ponge JF, Salmon S, Gachet S, Porcher E. 2013. Crop genetic diversity benefits farmland biodiversity in cultivated fields. Agric. Ecosyst. Environ. 171, 25-32.
Dubs F. Vergnes A. Mirlicourtois E. Le Viol I. Kerbiriou C. Goulnik J. Belghali S. Bentze L. Barot S. Porcher E. 2018. Weak and variable effects of wheat variety mixtures on aboveground arthropods under low-input farming. Basic and Applied Ecology. 33: 66-78.
Crutsinger GM, Collins MD, Fordyce JA. Gompert Z, Nice CC, Sanders NJ. 2006. Plant genotypic diversity predicts community structure and governs an ecosystem process. Science. 313, 966-968.
Finckh M, Gacek E, Goyeau H, Lannou C, Merz U, Mundt C, … de Vallavieille-Pope C. 2000. Cereal variety and species mixtures in practice, with emphasis on disease resistance. Agron. 20, 813-837.
Gaba S, Lescourret F, Boudsocq S, Enjalbert J, Hinsinger P, Journet EP, … Ozier-Lafontaine H. 2015. Multiple cropping systems as drivers for providing multiple ecosystem services: from concepts to design. Agron. Sustainable Dev. 35, 607-623.
Hughes A, Inouye B, Johnson M, Underwood N, Vellend M. 2008. Ecological consequences of genetic diversity. Ecol. Lett. 11, 609–623.
Perronne R, Makowski D, Goffaux R, Montalent P, Goldringer I. 2017. Temporal evolution of varietal, spatial and genetic diversity of bread wheat between 1980 and 2006 strongly depends upon agricultural regions in France. Agriculture Agric. Ecosyst. Environ. 236, 12-20.
Ratnadass A, Fernandes P, Avelino J, Habib R. 2012. Plant species diversity for sustainable management of crop pests and diseases in agroecosystems: a review. Agron. Sustainable Dev. 32, 273-303.