Entité de rattachement
Projet 65 Millions d'Observateurs
UMR CESCO
Thème interdisciplinaire de recherche
Eco-informatique

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Téléphone
0610439651
Adresse(s)

Bâtiment 135

43 rue Buffon

75005 Paris

Responsabilités dans l'unité

En charge depuis 2016 de la mission CAD de test de mise en place d’une solution de plateforme collaborative de Consultation et Analyse de Données issues de projets de sciences participatives dans le cadre du projet 65 Millions d’observateurs. Cette mission à abouti à la mise en place d’une instance Galaxy dédiée à l’écologie nommée Galaxy-E dont une instance de test est utilisable sur l’infrastructure de l’INRIA de Rennes via la plateforme de Bioinformatique GenOuest en cliquant ici et le code source est disponible sur ce repo Github.

Enseignements

J’enseigne un cours d’introduction à la Bio-informatique depuis 2014 en Master 2 MODE (MODélisation en Ecologie) à l’université de Rennes1

Projets

Mise en place d'une plateforme collaborative de Consultation et Analyse de Données (CAD) issues de projets de sciences participatives

Ce projet débuté fin 2016 par une phase de recueil des besoins des acteurs des projets de sciences participatives en termes de consultation et analyse de données à abouti à la mise en place d’une instance Galaxy dédiée à l’écologie nommée Galaxy-E. Une instance de test est utilisable sur l’infrastructure de l’INRIA de Rennes via la plateforme de Bioinformatique GenOuest en cliquant ici et le code source est disponible sur ce repo Github.

Le projet est entré dans une phase de développement d’une preuve de concept autour de la plateforme Galaxy en janvier 2017. Se sont succéder sur le projet différents talents :

  • Valentin Chambon, en stage de Master 2 Bioinformatique de l’Université de Nantes de janvier 2017 à Juillet 2017 (administrateur-système Devops), puis ingénieur administrateur-système Devops de Septembre 2017 à Aout 2018
  • Alan Amossé ingénieur développeur de Septembre 2017 à Aout 2018
  • Timothée Virgoulay, en stage de Master 1 Bioinformatique de l’Université de Montpellier de janvier 2017 à Juillet 2017 (développeur).
  • Elise Trigodet, en stage de Licence 3 Ecologie de l’Université de Rouen de avril 2017 à Juin 2017 (analyse de données), puis en vacation en Juillet et Aout 2017 pour continuer l’analyse de données en utilisant la plateforme Galaxy-E de test développée.
  • Elisa Michon, en stage non-obligatoire de Licence 3 Ecologie de l’Université de Montpellier de Juillet 2018 à Aout 2018 (analyse de données et création de matériel pédagogique)
  • Clara Urfer, en stage non-obligatoire de Licence 1 Biologie des organismes et populations de l’U.B.O, Brest de Juillet 2018 à Aout 2018 (analyse de données et création de matériel pédagogique)

Depuis la rentrée 2018, le projet évolu au sein du PIA 65 Millions d’observateurs pour qu’à partir de la plateforme Galaxy-E développée, puisse être investiguer la mise en place d’une interface utilisateur simplifiée utilisant les technologies du jeu vidéo à travers le projet européen GAPARS (Horizon 2020 research and innovation programme under grant agreement Nr 732703).

 

Publications

2017
  • Cohen-Boulakia Sarah, Belhajjame Khalid, Collin Olivier, Chopard Jérôme, Froidevaux Christine, Gaignard Alban, Hinsen Konrad, Larmande Pierre, Le Bras Yvan, Lemoine Frédéric & others, 2017 — Scientific workflows for computational reproducibility in the life sciences: Status, challenges and opportunities. Future Generation Computer Systems vol. 75, , dir. North-Holland p. 284-298
2016
  • Boyer Frédéric, Mercier Céline, Bonin Aurélie, Le Bras Yvan, Taberlet Pierre & Coissac Eric, 2016 — obitools: a unix-inspired software package for DNA metabarcoding. Molecular ecology resources vol. 16, n° 1, p. 176-182
  • Le Bras Yvan, Collin Olivier, Monjeaud Cyril, Lacroix Vincent, Rivals Éric, Lemaitre Claire, Miele Vincent, Sacomoto Gustavo, Marchet Camille, Cazaux Bastien & others, 2016 — Colib’read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads. GigaScience vol. 5, n° 1, dir. BioMed Central p. 9
2015
  • Bretaudeau Anthony, Monjeaud Cyril, Le Bras Yvan, Legeai Fabrice & Collin Olivier, 2015 — BioMAJ2Galaxy: automatic update of reference data in Galaxy using BioMAJ. GigaScience vol. 4, n° 1, dir. BioMed Central p. 22
  • Darde Thomas A, Sallou Olivier, Becker Emmanuelle, Evrard Bertrand, Monjeaud Cyril, Le Bras Yvan, Jégou Bernard, Collin Olivier, Rolland Antoine D & Chalmel Frédéric, 2015 — The ReproGenomics Viewer: an integrative cross-species toolbox for the reproductive science community. Nucleic acids research vol. 43, W1, dir. Oxford University Press W109--W116
2014
  • Le Texier Laëtitia, Durand Justine, Lavault Amélie, Hulin Philippe, Collin Olivier, Le Bras Yvan, Cuturi Maria-Cristina & Chiffoleau Elise, 2014 — LIMLE, a new molecule over-expressed following activation, is involved in the stimulatory properties of dendritic cells. PloS one vol. 9, n° 4, dir. Public Library of Science e93894
2011
  • Le Bras Yvan, Dechamp Nicolas, Krieg Francine, Filangi Olivier, Guyomard René, Boussaha Mekki, Bovenhuis Henk, Pottinger Thomas G, Prunet Patrick, Le Roy Pascale & others, 2011 — Detection of QTL with effects on osmoregulation capacities in the rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). BMC genetics vol. 12, n° 1, dir. BioMed Central p. 46
  • Van Wormhoudt Alain, Gaume Béatrice, Le Bras Yvan, Roussel Valérie & Huchette Sylvain, 2011 — Two different and functional nuclear rDNA genes in the abalone Haliotis tuberculata: tissue differential expression. Genetica vol. 139, n° 10, dir. Springer p. 1217-1227
2010
  • Le Bras Yvan, 2010 — É tude génétique et génomique de la réponse à un changement de salinité chez la truite arc-en-ciel Oncorhynchus mykiss. , ,
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