Entité de rattachement
Projet 65 Millions d'Observateurs
UMR CESCO
Thème interdisciplinaire de recherche
Eco-informatique

Contact

Réseaux sociaux
Téléphone
0610439651
Adresse(s)

Bâtiment 135

43 rue Buffon

75005 Paris

Responsabilités dans l'unité

En charge depuis 2016 de la mission CAD de test de mise en place d'une solution de plateforme collaborative de Consultation et Analyse de Données issues de projets de sciences participatives dans le cadre du projet 65 Millions d'observateurs. Cette mission à abouti à la mise en place d'une instance Galaxy dédiée à l'écologie nommée Galaxy-E dont une instance de test est utilisable sur l'infrastructure de l'INRIA de Rennes via la plateforme de Bioinformatique GenOuest en cliquant ici et le code source est disponible sur ce repo Github.

Enseignements

Projets

Publications

2017
  • Cohen-Boulakia Sarah, Belhajjame Khalid, Collin Olivier, Chopard Jérôme, Froidevaux Christine, Gaignard Alban, Hinsen Konrad, Larmande Pierre, Le Bras Yvan, Lemoine Frédéric & others, 2017Scientific workflows for computational reproducibility in the life sciences: Status, challenges and opportunities. Future Generation Computer Systems vol. 75, , dir. North-Holland p. 284-298
2016
  • Boyer Frédéric, Mercier Céline, Bonin Aurélie, Le Bras Yvan, Taberlet Pierre & Coissac Eric, 2016obitools: a unix-inspired software package for DNA metabarcoding. Molecular ecology resources vol. 16, n° 1, p. 176-182
  • Le Bras Yvan, Collin Olivier, Monjeaud Cyril, Lacroix Vincent, Rivals Éric, Lemaitre Claire, Miele Vincent, Sacomoto Gustavo, Marchet Camille, Cazaux Bastien & others, 2016Colib’read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads. GigaScience vol. 5, n° 1, dir. BioMed Central p. 9
2015
  • Darde Thomas A, Sallou Olivier, Becker Emmanuelle, Evrard Bertrand, Monjeaud Cyril, Le Bras Yvan, Jégou Bernard, Collin Olivier, Rolland Antoine D & Chalmel Frédéric, 2015The ReproGenomics Viewer: an integrative cross-species toolbox for the reproductive science community. Nucleic acids research vol. 43, W1, dir. Oxford University Press W109--W116
  • Bretaudeau Anthony, Monjeaud Cyril, Le Bras Yvan, Legeai Fabrice & Collin Olivier, 2015BioMAJ2Galaxy: automatic update of reference data in Galaxy using BioMAJ. GigaScience vol. 4, n° 1, dir. BioMed Central p. 22
2014
  • Le Texier Laëtitia, Durand Justine, Lavault Amélie, Hulin Philippe, Collin Olivier, Le Bras Yvan, Cuturi Maria-Cristina & Chiffoleau Elise, 2014LIMLE, a new molecule over-expressed following activation, is involved in the stimulatory properties of dendritic cells. PloS one vol. 9, n° 4, dir. Public Library of Science e93894
2011
  • Le Bras Yvan, Dechamp Nicolas, Krieg Francine, Filangi Olivier, Guyomard René, Boussaha Mekki, Bovenhuis Henk, Pottinger Thomas G, Prunet Patrick, Le Roy Pascale & others, 2011Detection of QTL with effects on osmoregulation capacities in the rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). BMC genetics vol. 12, n° 1, dir. BioMed Central p. 46
  • Van Wormhoudt Alain, Gaume Béatrice, Le Bras Yvan, Roussel Valérie & Huchette Sylvain, 2011Two different and functional nuclear rDNA genes in the abalone Haliotis tuberculata: tissue differential expression. Genetica vol. 139, n° 10, dir. Springer p. 1217-1227
2010
  • Le Bras Yvan, 2010É tude génétique et génomique de la réponse à un changement de salinité chez la truite arc-en-ciel Oncorhynchus mykiss. , ,